امام خمینی (ره) در تاریخ ۱۳۶۶/۱۱/۱۷ ، فرمان تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام را صادر کرده و چنین مرقوم فرمودند: «گرچه به نظر اینجانب پس از طی این مراحل زیر نظر کارشناسان که در تشخیص این امور مرجع هستند احتیاج به این مرحله نیست، لکن برای غایت احتیاط، در صورتی که بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان شرعاً و قانوناً توافق حاصل نشد، مجمعی مرکب از فقهای محترم شورای نگهبان و حضرات حجج اسلام: خامنه‏ای، هاشمی، اردبیلی، توسلی، موسوی خوئینی‏ها، جناب آقای میرحسین موسوی و وزیر مربوط برای تشخیص مصلحت نظام اسلامی تشکیل گردد و در صورت لزوم از کارشناسان دیگری هم دعوت به عمل آید و پس از مشورت­های لازم، رأی اکثریت اعضای حاضرِ در این مجمع مورد عمل قرار گیرد.»

پس از حکم حضرت امام، مسئولین جلساتی تشکیل داده و آیین‌نامه‌ای برای این نهاد تدوین می‌کنند. در همین جلسات رئیس و نائب رئیس این مجمع نیز انتخاب می‌شود. آقای هاشمی رفسنجانی در خاطرات مربوط به روز ۲۴ بهمن ۱۳۶۶ می‌نویسد: شب اولین جلسه مجمع تشخیص مصالح برای احکام حکومتی، در دفتر آقای خامنه‌ای تشکیل شد. شش فقیه شورای نگهبان و آقایان خامنه‌ای، موسوی اردبیلی، میرحسین موسوی،‌ نخست وزیر، موسوی خوئینی‌ها، دادستان کل کشور،‌ توسلی، رئیس دفتر امام، من و احمدآقا بودیم. بیشتر درباره آیین‌نامه کار صحبت کردیم و تقریبا در تمام موارد لازم تصمیم‌گیری شد. آیت الله خامنه‌ای رئیس و من نائب رئیس انتخاب شدیم.